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　北檢起訴書並駁斥，黃世銘憑一己之認定主動求見，面報總統，告知本案若干偵辦情節及偵辦方向，雖總統僅表示「尊重」並未為具體指示或有何認定被告，然被告此舉「已陷國家元首於不義」，恐使人民產生元首干預司法的錯認。

　黃世銘涉洩密案，檢方偵辦期間，黃世銘對向總統報告一事，提出三項答辯，第一，基於「檢察一體」，他身為檢察總長擁有刑事案件最後認定權，這起司法關說案，經他認定沒有刑事犯罪，僅行政不法。

　第二，司法關說案，對國家社會影響至為重大，他是依據憲法第四十四條規定「院際糾紛」，合乎憲法規範意旨；第三，依照公務員服務法的忠誠義務，他的作為是最適於國家利益（公益）的決定。

　不過，檢察官不採信他的說法，認定他在刑事偵查程序持續中，即急於向與本案無牽涉的總統報告，且所提供專案報告內容復與所供稱已認定「行政不法」相互矛盾。

　檢方並指出，若只是因為涉案「層級太高」，即可不依法面報總統，則各檢察署檢察官辦理類此「層級太高」案件，也可在案件偵結前，逕予認定係「行政不法」非刑事案件，即對外大放厥詞並逕自前往官邸，要求面報總統，而置相關制度於不顧，如此一來，將使糾舉與行政合而為一，恐衍生專制復辟，戕害民主法治，檢察體系亦毫無規矩、公信可言

　檢方表示，王金平等人所為確均屬行政不法行為，自得依各該相關程序，函知各該機關，如國會、監察院等有權機關處理即可，要皆是以機關對機關之行文方式為之，絕非是以「個人對個人」，且本案權責的行政機關應為行政院，並非總統個人，豈有動輒由元首出面處理之理。

　檢方說，本案的情境，依據憲法第四十四條及公務員服務法，公務員服務法第一條規定，檢察官要嚴守法令，效忠國家，而非對個人之效忠，斷然無法推衍出應向總統個人報告始符合公務員忠誠義務之理，更遑論有何公益目的蘊含其中，因此，黃世銘所答辯，不足採信。