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海關博物館有通關作業、查緝走私、海務燈塔、海關文物、國際關務等展示區，典藏的文物多為所屬基隆、台北、台中、高雄等四關所查獲走私或違規的待銷毀品。千奇百怪的走私方式與緝得物品，包括將安非他命裝在茶葉罐中，電熨斗與微波爐裡私藏手槍、掉包貨櫃轉運，牟取暴利等，最終都被海關緝獲。相關走私物品，絕大多數交由主管機關銷毀，少部分典藏於海關博物館當中。

在欣賞各種沒入物品的同時，海關也提醒民眾，不要在進出關時接受來路不明的行李委託，以免被有心人士利用夾帶誤觸法網。同時，出國購買紀念品時，如有違反野生動物保育法，或槍砲彈藥刀械管制條例的可能時，必須忍痛割愛，以免衍生走私問題。

海關博物館內設有「通關作業展示區」，展示民眾及貨物、行李出入關作業流程；「查緝走私展示區」展示海關在各個階段為配合國家政策所查緝的非法物品，包括毒品、槍枝，還有瀕臨絕種野生動植物及仿冒物品；「海務燈塔展示區」展示燈塔等助航設備以及查緝走私的海關艦艇及配備。台灣的燈塔原由海關管轄，是世界相當特殊的例子，而這項業務在民國一○二年起，移撥由交通部航港局負責。

「海關文物展示區」陳列早期的海關制服、畢業證書、照片和海關勳章、海關作業規章令文合訂本，以及所有關各項文物；「國際關務展示區」陳列台灣與各國海關交往所得的制服與文物，不僅可了解其他國家的海關，也可以了解各地的人文。